Roślinność podwodna jest zróżnicowana zależnie od głębokości. Rośliny szuwarowe (trzcina, oczerety), to przede wszystkim: turzyce i ponikło błotne. Roślinność zanurzoną i podwodną reprezentują przede wszystkim: moczarka kanadyjska, rogatek szorstki, rdestnica przeszyta, ramienica, wywłócznik, łąki włosieniczników i jeżogłówki, skupienia łączenia baldaszkowatego, strzałki wodnej oraz manny porastającej brzegi cieków wodnych. Rośliny pływające (o pływających liściach) to przede wszystkim rdest ziemnowodny, skupienia "lilii wodnych" - grążeli i grzybieni, rzadziej rdestnica pływająca. Przy brzegach (głównie rzek), gdzie występuje muł, rośnie "pokrzywka wodna". Inne spotykane rośliny wodne to: nicieniec (tworzy kłęby), dwugrot (pokręcone kłącza, ma własności halucynogenne), kryptokoryna (smukła, ciemnozielona), wgłębka (pokrywa wodę zbitym kożuchem, pożywka dla pasożytniczego ostryżu) i rogatek. W najpłytszej wodzie (do 1,5 m) rośnie lobelia (jeziorna) i brzeżyca (jednokwiatowa), głębiej (do 4 m) poryblin (jeziorny), a najgłębiej (do 9 m) - mszaki (podwodne mchy) głównie zdrojek wodny. Do najciekawszych roślin wodnych zaliczają się: kotewka orzech wodny, storczyk, strzałka wodna, salwinia pływająca, grzybień biały, grążel żółty. Lobelia jest rośliną wodną, zimozieloną ("List ich zielony jak jodłowe szpilki, kiedy je śniegi pobielą"), niestety w Polsce rzadko spotykaną i ginącą. Poryblin jeziorny jest pradawnym paprotnikiem, pamiętającym czasy dinozaurów. W przypadku jezior bogatych w wapń często dno porastają podwodne łąki ramienicowe. Niestery niektóre rośliny uczulają o czym muszą pamiętać alergicy. Wysypka (krosty) są silnie swędzące. Woda może też powodować katar sienny poprzez zawarte w niej pyłki uczulających roślin lądowych.